В своё время мучила меня эта проблема. Не помогали ни какие танцы с бубном, пока не залез в системный блок.
Итак, подробности этой беды:
Перестала загружаться операционная система Windows 7. При загрузке вылетает с ошибкой 0xC00000E9, либо выдаёт сообщение “disk boot failure, insert system disk and press enter” или просит restart disk ctrl alt delete. Пытался восстановить загрузку с установочного диска, но ничего не получилось из этого. Пишет: «не удалось 
восстановить загрузку». Проверил программой Victoria жесткий диск и нашёл множество BAD блоков, заменил жесткий диск. Операционная система и программы встали без проблем. Вроде бы всё нормально стало, только жесткий диск громковато урчит и система как будто бы подтормаживает.
Но, “не долго, музыка играла” и вскоре произошло тоже самое, что и было до замены жесткого диска. Снова нет загрузки и та же самая ошибка и сообщения. При проверке жесткого диска никаких проблем не обнаружено, кроме ошибок передачи данных. Кстати ошибка 0xc00000e9 означает тоже о чем предупредила Victoria, это ошибки ввода-вывода. Загрузился с восстановительной флэшки, чтобы посмотреть, что там с разделами. Разделы есть, но на них ничего, то есть никаких данных не обнаруживается. Снова переустановил операционную систему и программы. Всё встало на ура.
Через день всё тоже самое. Более не стал ничего переустанавливать и полез в системный блок. Вытащил модули памяти, почистил и поставил назад. Поменял шлейф на жесткий диск и воткнул его в другой порт SATA на материнской плате. Включил компьютер и о чудо, система сразу загрузилась, все проблемы исчезли, как будто ничего и не было. Жесткий диск стал тихий, тихий как будто бы его и нет вовсе, а система стала намного шустрее. После этого я стал внимательно рассматривать шлейф SATA и обнаружил, что он был в одном месте чем-то пережат.
Вывод такой: не нужно тратить время и нервы на программное тестирование и восстановление, а нужно лезть сразу в железо и разбираться с ним, так как проблема при таком раскладе, как правило, аппаратная.
